锦衣卫是一个亲军卫，它的设官和管理，也都遵循卫所体制，内设锦衣卫指挥使、千户、百户、总旗、小旗，形成上下级武官序列。各级人员身上的“职称”，决定升迁序列、俸禄多少、权力大小。
锦衣卫职掌相当广泛，从仪卫逐渐覆盖到侦缉、治安、补盗、刑狱等领域，下设若干千户所和镇抚司，自然会形成一些分工。
日常的仪卫事务，由五个千户所承担。这五个千户所又下分十司，所管军士分别负责“銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、弓矢、驯马”。①负责侦缉、补盗等令百官和百姓畏之如虎的“缇骑”，全名“行事校尉”。他们在服色上和普通军士有差别，属于皇帝的特勤人员，处理的事务带有一定的保密性。
锦衣卫堂上官，着大红便服
至于“恶名昭著”的诏狱，指从锦衣卫中分化出来的一个具有独立色彩的机构，全称“北镇抚司”。该司的权力很大，机构长官——镇抚能直接向皇帝奏事，处理的事全为“机密”，故不必通过锦衣卫体系层层传达。相应地，锦衣卫长官对北镇抚司也不能干涉。
负责不同事务的锦衣卫，很可能佩戴不同的牙牌。电影里的沈炼和不愿入诏狱而甘愿自裁的殷澄，应当都是行事校尉。由目前留存下来的实物可知，行事校尉的牙牌为象牙所制，正面刻“关防”二字，旁刻编号；背刻有“缉事校尉悬带此牌，不许借失，违者治罪”字样。②牙牌之上，并不会刻上任何人的名字。
仪卫是锦衣卫的份内职，无论展示礼仪还是护卫皇帝，都有一套严格的制度，在常朝、大祀圜丘、祭祀太庙、车驾巡幸等具体情境中，锦衣卫如何履责，都有非常具体的规定。
以最普通的常朝为例，官员上朝前，锦衣卫要派出指挥一名、千户二名、百户十名、旗校五百名，在皇极门（现在故宫的太和门）前列队，听候指示。大臣们退朝后，要由百户一名巡察皇城四周，其余人员分守东华、西华等门。晚上，锦衣卫又应派出百户二名，校尉四十人，同当天值日的指挥使在内值房值班，其余人员出宿外值房。
仪卫事务在锦衣卫日常工作中占比当不轻，但这样制度化的、相对平淡并且缺乏戏剧冲突的工作，似乎不是“好故事”生长的沃壤，自然很难获得小说家和编剧们青睐。
被驾帖约束的抓捕程序
锦衣卫权势的集中体现、也是最被诟病之处，在于缉捕、刑狱特权。
《绣春刀2》电影里有个贯穿剧情的物件，就是“无常簿”。一个锦衣卫总旗“无常簿”上几笔不尽不实的记载，就有将人送入诏狱的可怕力量。目前并无证据表明存在过这种文书，但这个情节设定，凸显出行事校尉“首告”的特权，方向上是正确的。《明实录》中，关于“行事校尉”举报、告发、“缉之以闻”的记载比比皆是，锦衣卫的行事基本无程序可言，这也或许可以解释为什么百官如此畏惧锦衣卫。
不过，“首告”只是案件的第一步。一旦进入实质的调查和缉捕阶段，锦衣卫也要照章办事。千户陆文昭私自全城缉拿百户沈炼，惹得上级锦衣卫指挥使和北镇抚司镇抚不快，正是他违背缉捕的程序。
电影《绣春刀2》里，南镇抚司的百户裴纶（雷佳音饰）正准备将调查情况写进“无常簿”
锦衣卫要抓人，最重要的公文，正是电影里提及的“驾帖”。
“驾贴”指皇帝下发的逮系或赐死臣民的专用诏敕，是一种公文类型。锦衣卫缉捕要出示驾帖，表明其特权源自皇帝本人。这道公文的重要性，《万历野获编》的一则轶事能体现一二。
万历初年，司礼监太监冯保密差锦衣校尉到河南新郑，众校尉扬言令退休在家的前首辅高拱自裁，全家恸哭之时，高拱处变不惊，喝问诸校“驾帖何在？”校尉拿不出，而高拱全家得以幸免于难。
然而即便皇帝发下驾帖，也意味着程序只走完一半。锦衣卫还需持驾贴到刑科批定，才开始拿人。如果刑科不批，严格来说，皇帝也无可奈何。这样规定，目的在于制衡不同机构的权力。但是制度设计者苦心经营的平衡，会随着某些权要的崛起，或者皇帝本人的意愿而轻易被打破。有明一代，锦衣卫权势有所消长，原因正在于此。
为什么要通知五城兵马司
《绣春刀》电影里还提到一个细节，千户陆文昭通缉沈炼，提出要“照会五城兵马司”。揆诸史实，这一处理还算妥当。
五城兵马司的事务，一般归巡城御史直接管辖和监督。在京城治安问题上，锦衣卫、巡城御史和五城兵马司三个机构的职能有一定重合，但也有高低之分。其中锦衣卫属军事系统，巡城御史属都察院，是文官系统，而五城兵马司的长官，一般由吏部、兵部和锦衣卫官三方共同简选。
锦衣卫和巡城御史，可以说都是五城兵马司的“婆婆”。
五城兵马司品级很低，它的主官指挥、副指挥只有正六品和正七品，远低于锦衣卫军官。所以，五城兵马司常常会有“为（锦衣卫）千百户、旗校者，皆得以奔走而奴隶之”③的情况。巡城御史把这个情况反映到万历皇帝那里，却碰了一鼻子灰。在皇帝看来，五城兵马昼夜巡逻，原本就应受锦衣卫监督，前者获得的消息、侦察到的秘闻，也应申报锦衣卫。