八月十六午后，群臣大集平台，崇祯先来到暖阁，召内阁辅臣和枢臣（兵部尚书）入见。此时的内阁，一共七人，原内阁首辅韩邝、李标已经相继去职，成基命顺位成为首辅，以下顺次为孙承宗（身在辽东）周延儒、何如宠、钱象坤、温体仁、吴宗达。崇祯神态威严，和阁臣略微寒暄后，直奔主题，说“袁崇焕欺君误国，罪不可赦，业经各衙门审问明白，今五日限期已到，朕拟诛其三族”，此语一出，环跪在下的七位大臣都耸然一惊。诛三族，是中国秦汉以下的一种酷刑，即把犯人父族、母族、妻族全部问斩，秦汉之际的几个著名人物如李斯、韩信、彭越都曾被惨诛三族。魏晋十六国南北朝时，诛三族盛极一时，如以凶残出名的后赵皇帝石虎就经常对政敌或臣下诛三族。直到隋文帝之时，才予以废除。之后七百年间，这种惨无人道的酷刑罕有出现。朱元璋坐了天下，屡兴大狱，把诛三族这个已经沉睡七百年的恶魔又重新唤起，著名的胡蓝之狱，这位和尚皇帝挥舞屠刀，诛杀近五万人，他的四子燕王朱棣武装篡位后，诱降方孝孺不成恼羞成怒，做出了诛杀方孝孺十族的壮举，可谓惨绝人寰。之后的两百年间明朝十二位皇帝，虽说不乏惨刻之君，但再没有对大臣动过族诛之刑。崇祯提出要族诛袁崇焕，把七位大臣吓得不轻，即使是盼着袁崇焕死的温体仁和梁廷栋，他预感到皇帝会对袁崇焕下狠手，但如此之狠实出意料。时间仿佛在沉默中静止了。过了许久，七十一岁的内阁首辅成基命说话了“袁崇焕举止乖张，大负皇上重托，诚属有罪，但其八载戍辽，风霜雨雪，亦颇有微功，皇上应念边臣劳苦，处边臣不可太过”一旁的何如宠见成基命肯出头为袁崇焕求情，不禁暗自钦佩，也随声附和。崇祯见成基命敢为袁崇焕求情，勃然大怒，苍白的面色上罩上了一层乌云，声音骤然拔高，怒道“尔是为袁崇焕做说客？”众臣吓的都低头不敢仰视，温体仁和梁廷栋见皇帝如此震怒，想必要连成基命一起惩办，暗自高兴。成基命吓得诚惶诚恐，连连叩头，道“逆奴入犯，百姓颠连，宗社震惊，袁崇焕御敌不力，使得皇上焦忧，其罪何辞？臣又何敢为其遮掩？其人如何处置，一切恩威处置均出自圣裁，臣不敢置词。方才臣不过为社稷起见，恐今日族诛袁崇焕，天下震恐，异日再无慷慨赴关者矣！”崇祯见成基命态度恭谨，怒气稍解，问道“依你看来，袁逆该如何发落？”成基命再不敢多言，依旧说道“臣不过为边臣起见，恩威出自陛下。”崇祯说道“既如此，就免了族诛，袁逆大逆不道，着即凌迟处死，财产没官，妻子儿女流放三千里安置，其母念其年老，着人看管赡养，如何？”成基命还未回奏，温体仁、枢臣梁廷栋急忙抢答道“皇上如此宽大，真乃圣恩浩荡矣”，崇祯马上道“如此，去前殿”袁崇焕的命运被永远的定格在这一刻。七人纷纷爬起，成基命因为年老，跪的时间又太久，爬了几次都起不来，崇祯命两个太监将其扶起，一齐出到前殿。前殿大臣有六部，都察院、锦衣卫、大理寺、通政司、京营戎政衙门、六科给事中、各道御史、还有负责编写皇帝起居注的四名翰林院记注官等一百多人，见皇帝久久不出来，正在窃窃私语。一见皇上驾到，立刻安静下来，丹墀之下黑压压跪倒一片。崇祯目光冷峻。按照中国国传统的年龄算法他虚岁二十，继位差几天就满三年，时间不算太久，但朝臣们对这位年轻皇帝的严厉手段已多有领教。去年鞑子入犯，直抵北京城下，明朝军事不利，接连丧师失地。崇祯大开杀戒，惩治负责大臣。蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显、张鸿功皆被处死，兵部尚书王洽死在狱中，工部尚书张凤翔、刑部尚书乔允升、韩继思都被革职下狱，手段之暴烈，令群臣人人自危。适才，朝臣们一致估计己巳之变的中心人物，入狱半年多的前辽东督师兵部尚书袁崇焕在劫难逃，只是不知道皇上会施以何种惩治。眼望匍匐在下的群臣，崇祯没有让太监代为传旨，而是亲自开口，宣布了他对袁崇焕的处理决定。平台大殿之中，寂静无声，只有皇帝崇祯年轻的音调在殿内回旋，一字一句，清晰入耳。崇祯宣布了袁崇焕总计六条大罪，分别是付托不效，专恃欺瞒；市米资盗；谋款斩帅；纵敌长驱顿兵不战；援兵四集尽兴遣散；敌军兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城。接着，宣布了对袁崇焕的惩治决定，命刑部将袁崇焕凌迟示众，按照大明律家属十六岁以上处斩，十五岁以下给功臣为奴，现宽大处理，仅把袁崇焕妻妾子女及同胞兄弟流放两千里之外，其余人等一律不问。宣布完毕，崇祯扫了一眼殿下群臣，只见一个个俯首低眉，噤若寒蝉，并无一人异议。立即命令刑部侍郎涂国鼎去刑部大牢提袁崇焕赴西市行刑，涂侍郎领旨而去。最后，崇祯训斥群臣，欺罔蒙蔽，没有事先揭发袁崇焕，今后必须洗心革面，报效国家。群臣一齐叩头领罪。袁崇焕在刑部大牢已经呆了八个月。托祖大寿造反的光，崇祯把他从不见天日的锦衣卫北镇抚司地牢提到刑部大牢，算是从地下升到地上，待遇大大改善。自从含泪写手书给祖大寿之后，袁崇焕与外界再无联系，文武百官再无一人来慰问探视，刑部牢房冠盖云集、人满为患的盛况再没有出现，来的最多的是负责审讯他的锦衣卫指挥刘侨。
