《成祖本纪》说：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中”。 《太宗实录》云：（在燕兵攻陷京师后，建文帝）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！” 朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃”（《明实录·太宗实录》。 《补本》记载：“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。” 《明史·建文皇帝本纪》：“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上！”。 《明史·恭闵帝》叙述更相当混乱，称：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。或云帝由地道出亡…自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。” 由此，建文帝的下落，成为中国历史之谜，时隔600多年，至今仍未完全破解。
