王行瑜最早是邠宁节度使朱玫的部将，提为列校。
唐僖宗光启二年（886年）朱玫立李煴为帝，改元建贞，令他带兵五万追击外逃凤翔（治今陕西风县东北）的唐僖宗。同年十二月，王行瑜倒戈杀朱玫、李符，又纵兵大掠，时值寒冬，冻死的百姓横尸蔽地。僖宗命行瑜为邠宁节度使。
唐昭宗景福元年（892年）与凤翔节度使李茂贞联合擅自攻取汉中（今陕西省汉中市）。次年，迫使昭宗李晔杀死宦官西门君遂及宰相杜让能等。昭宗赐行瑜铁券。
乾宁二年（895年）侍中兼中书令王行瑜擅权，要求担任尚书令，韦昭度密奏：“太宗以尚书令执政，遂登大位，自是不以授人臣。惟郭子仪以大功拜尚书令，终身避让。行瑜安可轻议！”。于是帝命李溪（一作李溪）为相。
王行瑜大恨，联合李茂贞及镇国节度使韩建攻入长安，杀韦昭度、李溪，并谋废昭宗，另立李保为帝。李克用率军南下勤王，十一月，李罕之克龙泉镇。
王行瑜逃往梨园寨（今淳化县城），再逃回邠州，向李克用请降被拒。行瑜弃城逃往庆阳，为其部下所杀。传首京师。
唐僖宗光启二年（886年）朱玫立李煴为帝，改元建贞，令他带兵五万追击外逃凤翔（治今陕西风县东北）的唐僖宗。同年十二月，王行瑜倒戈杀朱玫、李符，又纵兵大掠，时值寒冬，冻死的百姓横尸蔽地。僖宗命行瑜为邠宁节度使。
唐昭宗景福元年（892年）与凤翔节度使李茂贞联合擅自攻取汉中（今陕西省汉中市）。次年，迫使昭宗李晔杀死宦官西门君遂及宰相杜让能等。昭宗赐行瑜铁券。
乾宁二年（895年）侍中兼中书令王行瑜擅权，要求担任尚书令，韦昭度密奏：“太宗以尚书令执政，遂登大位，自是不以授人臣。惟郭子仪以大功拜尚书令，终身避让。行瑜安可轻议！”。于是帝命李溪（一作李溪）为相。
王行瑜大恨，联合李茂贞及镇国节度使韩建攻入长安，杀韦昭度、李溪，并谋废昭宗，另立李保为帝。李克用率军南下勤王，十一月，李罕之克龙泉镇。
王行瑜逃往梨园寨（今淳化县城），再逃回邠州，向李克用请降被拒。行瑜弃城逃往庆阳，为其部下所杀。传首京师。