何胤，字子季。八岁的时候，他为父母亲守丧，像成人一样因哀痛而毁伤了身体。长大成人之后，他爱好学习。拜沛国刘献为师，学习《易》及《礼记》《毛诗》；又进钟山定林寺学习佛经。这些东西他都学得精通。但是他随任情性，不拘小节，当时没有人了解他，只有刘献和汝南周颙深深器重他，认为他是奇才。
何胤初仕任齐秘书郎，迁任太子舍人。出京任建安太守，他施政讲究恩德信义，百姓不忍心欺骗他。每逢伏日腊日，何胤都把关押的囚犯放回家，这些囚犯也都如期返回，没有一个乘机逃跑。何胤入京任尚书三公郎，还未受任，又迁任司徒主簿。
何胤注解《易》，又解说《礼记》，解说的文句就写在原书书卷的背面，因此称为《礼记隐义》。永明十年，何胤迁任侍中，领步兵校尉，转为国子祭酒。郁林王继位为帝，何胤因为是皇后的亲族，所以很受亲宠优待。又积功迁任左民尚书。
何胤虽然富贵显赫，但他却常有辞官退隐之心。建武初年，他已在郊外建了座房子，称之为小山，他常常和士林友人在建造的房子里栖游。到这时，何胤就卖掉了自己的宅院，想归隐东山。还没开始筹办，何胤就听说谢朏被免去吴兴郡太守之职后并不回京，他担心谢朏抢先隐居东山，于是就上表辞职，不等朝廷回复就擅自离京。
明帝十分生气，命御史中丞袁昂上表启奏收捕何胤，不久，又下诏准许辞职。何胤认为会稽的山灵妙神奇，就去那儿游览，住在若邪山云门寺。永元年间，朝廷征召他为太常、太子詹事，都不赴任。高祖藩王府建立，选拔何胤任军谋祭酒。
何胤不肯到王府任职。高祖登上帝位，下诏任命何胤为特进、右光禄大夫，他也不去就职。高祖又下命令赐给何胤白衣尚书的封号，领取尚书俸禄，何胤坚决拒绝。高祖又命令从山阴库中每月供给何胤五万钱，何胤又不肯接受。
高祖于是派何子朗、孔寿等六人到东山何胤处去学习。太守衡阳王萧元简对何胤十分尊崇，以礼相待，每月都常常驾车去何胤家，和他整天谈论。何胤因为若邪山地势狭隘，容不下学生，于是迁往秦望山。
何胤家几代人寿命都不长，只有他祖父何尚之活到七十二岁。何胤年纪到了七十二岁时，就离开秦望山，迁移到吴，他作了一首《别山诗》，言辞十分凄怆哀伤。到吴之后，何胤在虎丘西寺讲论经学，学生们又都跟随他学习，东部地方长官往来途中经过吴，个个都要到寺中听何胤讲经。中大通三年，何胤去世，死时八十六岁。