南明永历十八年(1661年)正月，在厦门召开军事会议，决计收复台湾为根本之地,下令整修船只,调整部署，加紧复台准备。三月廿三，率首批官兵2.5万人、战船数百艘,由原荷兰翻译何廷斌和熟悉航路的渔民引导，自金门料罗湾出发，横渡台湾海峡，次日抵澎湖。四月初，遣一部4000余人抢占鹿耳门港(今台南安平港北)南侧之北线尾岛；自率主力万余人通过大海湾，直插赤嵌城(在今台南市内)北之禾寮港，迅即在台湾本岛登陆。此后，督师多次粉碎荷兰驻台总督揆一的反扑。集兵1.2万包围赤嵌城,断绝水源,在城周布设火攻器具,迫守将描难实叮率众出降。旋派描难实叮向揆一劝降，遭拒绝后，即移师威逼台湾城。荷军千人凭坚城利炮负隅顽抗，郑成功遂改攻城为长围，分兵收复岛上其他失地。五月,改赤嵌为东都明京,设承天府和天兴、万年两县，改台湾城为安平镇。下屯垦令，组织部众垦荒屯粮，整顿法纪。在台湾同胞支持下，先后两次击败荷兰殖民者从巴达维亚派来的援军。在围困台湾城八个月后，于十二月初六下令炮击台湾城外重要据点乌德勒支堡，迫揆一于十二月十三(1662年2月1日)在投降书上签字，使台湾回归祖国。
